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小编推荐相信不少同学有疑惑为什么这两年微生物的命名变化这么大好多命名只的数字编号呢今天小编和大家一起学习下关于微生物命名和分类的相关知识。不想看太多内容的可以直接看这个原核生物命名与分类体系的流程图。整套体系最容易混的地方是命名给类群起一个合法的名字由命名机构管和分类谁和谁归为一类由研究者的系统发育观点决定。纯培养线ICSP、ICNP 和 LPSN底层逻辑是先有活菌株再有名字。按 ICNP 的规定只有保藏在两个国际保藏中心的纯培养活菌株才能作为模式材料。ICSP 曾经否决了用 DNA 序列做模式的提案。LPSN 是这套法规的登记簿收录依规则合法发表的名称由 DSMZ 运营并每周更新。基因组线SeqCode 和 GTDB宏基因组时代的难题在于占 GTDB 绝大多数的类群根本没有培养物按 ICNP 无法合法命名。SeqCode允许用基因组序列作为命名模式通过在线的 SeqCode Registry 登记名称。它承认 2022 年之前 ICNP 下合法发表的名称此后两套法规的名称按优先权竞争。GTDB本身不是命名法规而是一套基于基因组系统发育的分类用 ANI 划分物种用 RED 归一化高阶阶元。它的名称来源是 ICNP 和 SeqCode 两边都认没有合法名的类群就用占位名。主导者是昆士兰大学的澳大利亚生态基因组学中心ACE团队分布在澳大利亚、丹麦、加拿大和奥地利。这两条线其实并不是对立的。GTDB 既承认 ICNP 的合法名也承认 SeqCode 的名称LPSN 和 SeqCode 还被 GTDB 用来判断名称的法规地位。NCBI和SILVA分类体系NCBI Taxonomy不是命名法规它是 INSDCGenBank、ENA、DDBJ的标准分类库由 NCBI 的一小组科学家依据文献手工维护目标是方便地给所有序列编目。所以它既收合法名也收非正式名称。2021 年 ICNP 承认门这一阶元后它采纳了 42 个合法发表的门名旧名仍可检索。GTDB 的基因组就全部取自 NCBI Assembly初始物种归属也参考 NCBI。SILVA是 rRNA 序列库SSU 和 LSU附带自己的一套分类。2023 年起它并入 DSMZ 的 Digital Diversity 联盟和 LPSN 成了一家人。最新的 SSU 144 版2026 年 8 月重新设计了分类流程以 LPSN 为首要来源同时酌情参考 GTDB所以它是LPSN 为主、GTDB 为辅的混合体系。注意 LSU 仍是 138.2而且 SILVA 只分类到属。一句话总结纯培养看 LPSN宏基因组看 GTDB序列挂靠看 NCBI16S 注释看 SILVA。参考https://www.arb-silva.de/https://gtdb.ecogenomic.org/https://registry.seqco.de/https://www.the-icsp.org/index.php/code-of-nomenclaturhttps://lpsn.dsmz.de/ 做 16S 和宏基因组，物种名到底听谁的？四大分类体系梳理
小编推荐相信不少同学有疑惑为什么这两年微生物的命名变化这么大好多命名只的数字编号呢今天小编和大家一起学习下关于微生物命名和分类的相关知识。不想看太多内容的可以直接看这个原核生物命名与分类体系的流程图。整套体系最容易混的地方是命名给类群起一个合法的名字由命名机构管和分类谁和谁归为一类由研究者的系统发育观点决定。纯培养线ICSP、ICNP 和 LPSN底层逻辑是先有活菌株再有名字。按 ICNP 的规定只有保藏在两个国际保藏中心的纯培养活菌株才能作为模式材料。ICSP 曾经否决了用 DNA 序列做模式的提案。LPSN 是这套法规的登记簿收录依规则合法发表的名称由 DSMZ 运营并每周更新。基因组线SeqCode 和 GTDB宏基因组时代的难题在于占 GTDB 绝大多数的类群根本没有培养物按 ICNP 无法合法命名。SeqCode允许用基因组序列作为命名模式通过在线的 SeqCode Registry 登记名称。它承认 2022 年之前 ICNP 下合法发表的名称此后两套法规的名称按优先权竞争。GTDB本身不是命名法规而是一套基于基因组系统发育的分类用 ANI 划分物种用 RED 归一化高阶阶元。它的名称来源是 ICNP 和 SeqCode 两边都认没有合法名的类群就用占位名。主导者是昆士兰大学的澳大利亚生态基因组学中心ACE团队分布在澳大利亚、丹麦、加拿大和奥地利。这两条线其实并不是对立的。GTDB 既承认 ICNP 的合法名也承认 SeqCode 的名称LPSN 和 SeqCode 还被 GTDB 用来判断名称的法规地位。NCBI和SILVA分类体系NCBI Taxonomy不是命名法规它是 INSDCGenBank、ENA、DDBJ的标准分类库由 NCBI 的一小组科学家依据文献手工维护目标是方便地给所有序列编目。所以它既收合法名也收非正式名称。2021 年 ICNP 承认门这一阶元后它采纳了 42 个合法发表的门名旧名仍可检索。GTDB 的基因组就全部取自 NCBI Assembly初始物种归属也参考 NCBI。SILVA是 rRNA 序列库SSU 和 LSU附带自己的一套分类。2023 年起它并入 DSMZ 的 Digital Diversity 联盟和 LPSN 成了一家人。最新的 SSU 144 版2026 年 8 月重新设计了分类流程以 LPSN 为首要来源同时酌情参考 GTDB所以它是LPSN 为主、GTDB 为辅的混合体系。注意 LSU 仍是 138.2而且 SILVA 只分类到属。一句话总结纯培养看 LPSN宏基因组看 GTDB序列挂靠看 NCBI16S 注释看 SILVA。参考https://www.arb-silva.de/https://gtdb.ecogenomic.org/https://registry.seqco.de/https://www.the-icsp.org/index.php/code-of-nomenclaturhttps://lpsn.dsmz.de/