安装与使用--生信工具107)
Minibwa新一代短序列比对工具bwa‑mem 继任者简介minimap2安装与使用v 2.28生物信息学工具26-CSDN博客Bowtie2安装与使用-bowtie2-2.5.2bioinformatics tools-011-CSDN博客bwa安装及使用v0.7.17生物信息学工具-018-CSDN博客Miniasm-0.3 (r179)安装与使用--生信工具104-CSDN博客Blast安装及使用-Blast2.14.0bioinfomatics tools-001_blast软件-CSDN博客Minibwa 用于将短读长比对到参考基因组是 bwa‑mem 的继任版本采用全新算法。 在比对精度相当的前提下速度是原版 bwa‑mem 的 3 倍以上是 bwa‑mem2 的 2 倍。 虽然 minibwa 也支持高精度长读长但对于高错误率的长读长minimap2 的鲁棒性会更好。https://github.com/lh3/minibwa #官网Minibwa 融合了 bwa‑mem 与 minimap2 的设计思路使用 Burrow‑Wheeler TransformBWT构建基因组索引模仿 bwa‑mem寻找可变长度种子seed借鉴 minimap2 的算法完成链化chaining与基于 SIMD 的核苷酸比对。相比 bwa‑mem2minibwa 做了进一步加速种子查找增加预取逻辑新增启发式规则跳过不必要的 mate‑rescue在高度重复区域减少无效计算这类区域受结构变异影响reads 很容易错误比对。适用场景 Intended use casesMinibwa 主要面向短读长、高精度长读长比对。❌不支持剪接比对spliced alignment❌ 没有针对长 contig 比对做参数调优⚠️ 当前版本对参考基因组中的 alternative contig 处理不完善建议使用移除替代 contig 版本的参考基因组。安装 Installation硬件要求x86 CPU 需要支持 SSE4.2ARM CPU 需要支持 NEON。 依赖系统 zlib内置小幅修改版 mimalloc、libsaislibsais 可通过 OpenMP 实现多线程。make # 自动检测OpenMP、区分arm64/x86_64默认编译 make omp0 # 关闭libsais多线程不影响比对速度 make gpl0 # 关闭GPL协议代码关闭低内存BWT构建不影响比对 make mimalloc0 # 关闭mimalloc内存分配器使用系统mallockalloc编译完成得到单个二进制文件minibwa把它复制到 PATH 路径下即可全局调用。使用 Usagegit clone https://github.com/lh3/minibwa cd minibwa make # 测试数据集示例 ./minibwa index test/chrM-human.fa.gz chrM-human # 构建基因组索引 ./minibwa map chrM-human test/chrM-read_?.fa.gz aln.sam # 序列比对输出SAM格式 # 无测试数据的其他示例 minibwa map -ft16 ref.index long-read.fq aln.paf # 长读长比对输出PAF minibwa map --hic ref.index reads.interleaved.fq aln.sam # Hi‑C短读长比对 # 定向亚硫酸氢盐测序BS‑seq数据比对 minibwa index --meth -t8 ref.fa # 构建BS‑seq专用索引 minibwa map --meth ref.fa read1.fq read2.fq aln.sam # BS‑seq读长比对和 bwa‑mem 一样比对前必须先构建基因组索引。构建索引 Indexingminibwa index -t8 ref.fa # 8线程构建索引内存占用约18NN为基因组大小 minibwa index ref.fa prefix # 指定索引输出前缀而不是默认以ref.fa作为前缀 minibwa index -l ref.fa # 低内存模式构建索引牺牲部分性能 minibwa index --meth ref.fa # 构建BS‑seq亚硫酸氢盐测序索引索引会生成两类文件ref.fa.l2b2bit 编码的参考基因组序列ref.fa.mbwBWT 采样后缀数组开启--meth模式时额外生成ref.fa.meth.mbw存放 3 碱基基因组的 BWT 索引。序列比对 Mapping默认开启自适应模式会根据每条 read 长度动态调整内部参数短读长、高精度长读长均可直接使用。minibwa map -t8 ref.fa read1.fq read2.fq # 双端short‑read比对输出SAM minibwa map -ft8 ref.fa read.fa.gz # 单端/长读长比对输出PAF格式 minibwa map --hic ref.fa hic1.fq hic2.fq # Hi‑C短读长比对 minibwa map --meth ref.fa read1.fq read2.fq # BS‑seq比对必须提前用index --meth建库注意默认自适应模式下‑g / ‑w / ‑W / ‑N / ‑m / ‑s仅修改短读长参数长读长参数固定不变。 使用--adapno或者指定-x sr / -x lr会关闭自适应模式。兼容 bwa‑mem 传统命令行minibwa 提供mem子命令模拟传统 bwa‑mem 的 CLI。⚠️ 由于算法与参数差异大量 bwa‑mem 原有参数会被直接忽略输出比对结果也和原版 bwa‑mem 不完全等价。Minibwa 提供基础 C API支持加载索引、执行序列比对。api‑test/ex‑one.c逐条 read 独立比对示例api‑test/ex‑batch.c批量比对多条 reads速度更快同时支持双端比对。dev.md文档详细说明了 minibwa 与 BWA‑MEM、minimap2 的算法差异。
Minibwa新一代短序列比对工具bwa‑mem 继任者简介minimap2安装与使用v 2.28生物信息学工具26-CSDN博客Bowtie2安装与使用-bowtie2-2.5.2bioinformatics tools-011-CSDN博客bwa安装及使用v0.7.17生物信息学工具-018-CSDN博客Miniasm-0.3 (r179)安装与使用--生信工具104-CSDN博客Blast安装及使用-Blast2.14.0bioinfomatics tools-001_blast软件-CSDN博客Minibwa 用于将短读长比对到参考基因组是 bwa‑mem 的继任版本采用全新算法。 在比对精度相当的前提下速度是原版 bwa‑mem 的 3 倍以上是 bwa‑mem2 的 2 倍。 虽然 minibwa 也支持高精度长读长但对于高错误率的长读长minimap2 的鲁棒性会更好。https://github.com/lh3/minibwa #官网Minibwa 融合了 bwa‑mem 与 minimap2 的设计思路使用 Burrow‑Wheeler TransformBWT构建基因组索引模仿 bwa‑mem寻找可变长度种子seed借鉴 minimap2 的算法完成链化chaining与基于 SIMD 的核苷酸比对。相比 bwa‑mem2minibwa 做了进一步加速种子查找增加预取逻辑新增启发式规则跳过不必要的 mate‑rescue在高度重复区域减少无效计算这类区域受结构变异影响reads 很容易错误比对。适用场景 Intended use casesMinibwa 主要面向短读长、高精度长读长比对。❌不支持剪接比对spliced alignment❌ 没有针对长 contig 比对做参数调优⚠️ 当前版本对参考基因组中的 alternative contig 处理不完善建议使用移除替代 contig 版本的参考基因组。安装 Installation硬件要求x86 CPU 需要支持 SSE4.2ARM CPU 需要支持 NEON。 依赖系统 zlib内置小幅修改版 mimalloc、libsaislibsais 可通过 OpenMP 实现多线程。make # 自动检测OpenMP、区分arm64/x86_64默认编译 make omp0 # 关闭libsais多线程不影响比对速度 make gpl0 # 关闭GPL协议代码关闭低内存BWT构建不影响比对 make mimalloc0 # 关闭mimalloc内存分配器使用系统mallockalloc编译完成得到单个二进制文件minibwa把它复制到 PATH 路径下即可全局调用。使用 Usagegit clone https://github.com/lh3/minibwa cd minibwa make # 测试数据集示例 ./minibwa index test/chrM-human.fa.gz chrM-human # 构建基因组索引 ./minibwa map chrM-human test/chrM-read_?.fa.gz aln.sam # 序列比对输出SAM格式 # 无测试数据的其他示例 minibwa map -ft16 ref.index long-read.fq aln.paf # 长读长比对输出PAF minibwa map --hic ref.index reads.interleaved.fq aln.sam # Hi‑C短读长比对 # 定向亚硫酸氢盐测序BS‑seq数据比对 minibwa index --meth -t8 ref.fa # 构建BS‑seq专用索引 minibwa map --meth ref.fa read1.fq read2.fq aln.sam # BS‑seq读长比对和 bwa‑mem 一样比对前必须先构建基因组索引。构建索引 Indexingminibwa index -t8 ref.fa # 8线程构建索引内存占用约18NN为基因组大小 minibwa index ref.fa prefix # 指定索引输出前缀而不是默认以ref.fa作为前缀 minibwa index -l ref.fa # 低内存模式构建索引牺牲部分性能 minibwa index --meth ref.fa # 构建BS‑seq亚硫酸氢盐测序索引索引会生成两类文件ref.fa.l2b2bit 编码的参考基因组序列ref.fa.mbwBWT 采样后缀数组开启--meth模式时额外生成ref.fa.meth.mbw存放 3 碱基基因组的 BWT 索引。序列比对 Mapping默认开启自适应模式会根据每条 read 长度动态调整内部参数短读长、高精度长读长均可直接使用。minibwa map -t8 ref.fa read1.fq read2.fq # 双端short‑read比对输出SAM minibwa map -ft8 ref.fa read.fa.gz # 单端/长读长比对输出PAF格式 minibwa map --hic ref.fa hic1.fq hic2.fq # Hi‑C短读长比对 minibwa map --meth ref.fa read1.fq read2.fq # BS‑seq比对必须提前用index --meth建库注意默认自适应模式下‑g / ‑w / ‑W / ‑N / ‑m / ‑s仅修改短读长参数长读长参数固定不变。 使用--adapno或者指定-x sr / -x lr会关闭自适应模式。兼容 bwa‑mem 传统命令行minibwa 提供mem子命令模拟传统 bwa‑mem 的 CLI。⚠️ 由于算法与参数差异大量 bwa‑mem 原有参数会被直接忽略输出比对结果也和原版 bwa‑mem 不完全等价。Minibwa 提供基础 C API支持加载索引、执行序列比对。api‑test/ex‑one.c逐条 read 独立比对示例api‑test/ex‑batch.c批量比对多条 reads速度更快同时支持双端比对。dev.md文档详细说明了 minibwa 与 BWA‑MEM、minimap2 的算法差异。
