第一步fastq剪除接头，类似引物，不属于序列去除低质量reads：数据质控大多数时候拿到的data 是已经剪除接头的clean data# 设置输入rawdata的文件路径 R1_RAW="01_rawdata/P4HA1NC_1_R1.fastq.gz" R2_RAW="01_rawdata/P4HA1NC_1_R2.fastq.gz" # 设置输出cleandata文件和质控报告的文件 R1_CLEAN="02_dataqc/cleandata/sample1_1_clean.fq.gz" R2_CLEAN="02_dataqc/cleandata/sample1_2_clean.fq.gz" REPORT_HTML="02_dataqc/qc_report/sample1_fastp.html" REPORT_JSON="02_dataqc/qc_report/sample1_fastp.json" #fastp数据质控 fastp -i $R1_RAW \ -I $R2_RAW \ -o $R1_CLEAN \ -O $R2_CLEAN \ -h $REPORT_HTML \ --json $REPORT_JSON \ --thread 16 \ -g \ -l 50 \ -q 20 \ -u 40 \ -n 5 \数据质控使用软件 fastp
第一步fastq剪除接头，类似引物，不属于序列去除低质量reads：数据质控大多数时候拿到的data 是已经剪除接头的clean data# 设置输入rawdata的文件路径 R1_RAW="01_rawdata/P4HA1NC_1_R1.fastq.gz" R2_RAW="01_rawdata/P4HA1NC_1_R2.fastq.gz" # 设置输出cleandata文件和质控报告的文件 R1_CLEAN="02_dataqc/cleandata/sample1_1_clean.fq.gz" R2_CLEAN="02_dataqc/cleandata/sample1_2_clean.fq.gz" REPORT_HTML="02_dataqc/qc_report/sample1_fastp.html" REPORT_JSON="02_dataqc/qc_report/sample1_fastp.json" #fastp数据质控 fastp -i $R1_RAW \ -I $R2_RAW \ -o $R1_CLEAN \ -O $R2_CLEAN \ -h $REPORT_HTML \ --json $REPORT_JSON \ --thread 16 \ -g \ -l 50 \ -q 20 \ -u 40 \ -n 5 \数据质控使用软件 fastp
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